La más similar a Flash es, para este uso, SVG + JavaScript. No fue difícil pasar el código de ActionScript a JS y las figuras son simples de dibujar.
Así quedó (Probado en Chrome y Firefox, probablemente no funcione en IE):
Cliquear para comenzar la animación - Ojo! CPU intensive!
(Los microbios pueden ser repelidos con un click también!)
El archivo .svg disponible aquí.
deberías haberlo hecho con canvas :P
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